醫療器械滅菌方式的選擇包括（但不限于）環氧乙烷（EO）、伽馬輻射（γ）、電子束（e-beam）、蒸汽和低溫氧化滅菌過程。

如果器械預期用EO滅菌，為使滅菌劑進入以殺滅微生物，并使滅菌氣體擴散，降低殘留濃度，無菌屏障系統應有透氣件。推薦使用PETG吸塑盒+特衛強蓋材的方式。吸塑盒的定位和保護性是傳統的軟紙塑包裝無法取代的，特衛強紙更是為EO滅菌提供了應有的透氣件。

如果器械用輻射滅菌（γ或e-beam）、可以不需有透氣件，器械的屏障系統可以完全由不透氣材料組成。可以使用PETG吸塑盒+PE薄膜/鋁箔的形式熱合，形成完整的無菌屏障系統。也可考慮上下蓋的吸塑盒組合而成，再整體置入鋁箔袋中，形成無菌屏障系統。

醫療器械制造商為各器械商選擇適宜的滅菌過程時，選擇受很多因素制約。如果器械組成材料不具輻射穩定性，則通常使用EO、蒸汽、氧化劑滅菌，如果器械預期有高的EO殘留濃度，器械制造商可能選擇輻射滅菌。